В лаборатории ведется фундаментальные, прикладные и инновационные проекты по ускорению селекционного процесса на основе физиолого-биохимических маркеров, инокуляция растений более вирулентными изолятами гриба вертициллиум и фузариум,  усовершенствованием методов трансгрессивной и конвергентной селекции,  а также создание вилтоустойчивых, скороспелых (с вегетационном периодом 95-110 дней), высокопродуктивных сортов хлопчатника, с крупностью коробочек 6-7 г., с высоким выходом волокна (38-42 %) и качеством IV-V типа.