Узбекский научно-исследовательский институт хлопка был создан в 1929 году под названием Всесоюзный научно-исследовательский институт хлопка (СоюзНИКСИ). За прошедший период институт представляли С. Сегизбоев, Б. П. Страумал, А. М. Мальцев, С. Н. Рыжов, Н. М. Маннонов, З. С. Турсунходжаев, С. Юлдашев, А. И. Имомалиев, Р. О. Усанов, С. И. Ибрагимов, С. Р. Рахмонкулов, А. Е. Авликокулов, Ш. Н. Нурматов, Дж. Ахмедов, Ш. Ю. Тешаев. А с 2012 года доктор сельскохозяйственных наук Б.М.Холиков исполняет обязанности генерального директора.
Ученые с мировым именем, работавшие в Институте хлопка и его комплексах: И. А. Дорман, С. С. Канаш, Б. П. Страумаль, В. А. Ковда, М. А. Панков, С. Н. .Рыжов, Н.М.Маннонов, В.М.Легостаев, П.В.Протасов, Б.Сангинов, Л.В.Румшевич, В.Б.Ерёменко, З.С.Турсунходжаев, К.М.Мирзайонов, Н.Н. Ф. Беспалов, И. И. Мадраимов, Г. А. Безбородов, В. П. Яровенко, Б. Г. Алеев, Б. М. Исаев, Ш. Нурматов, В. П. Кондратюк, А. Е. ., Авлёкулов, Р.Ш. Тиллаев, Б.М. Холиков, Ш.Я. Тешаев, Н.М. Иброхимов, Ф.А. Скрябин, В.Г. Березовский, М.А. Сорокин, А. Торопкина, М. .Ройденский, В. Муханова, П.В. Бодров, М.Р. Юнусов, Н.Н. Зеленина, М.П. Медниса и многих других. Кроме того, видные ученые работали в Главном институте и его региональных филиалах.
Первоначально институт включал в себя Центральную селекционную станцию, Центральную защиту растений, Центральное удобрение и агро-почвоведение, Центральную агротехнику и хлопок, Центральную ирригационную и агротехническую станцию Аккавак, а также экспериментальные станции по производству хлопка в Туркменистане, Таджикистане, Кыргызстане, Казахстане и Азербайджане. , Эти станции были впоследствии разделены как независимые учреждения. К ним относятся Узбекский научно-исследовательский институт селекции сельскохозяйственных культур и семеноводства, Научно-исследовательский институт механизации и электрификации сельского хозяйства Узбекистана, Научно-исследовательский институт защиты растений Узбекистана, Таджикские и Туркменские сельскохозяйственные учреждения, Азербайджанский научно-исследовательский институт хлопка, Кыргызский и Казахский сельскохозяйственный институт.
