Пахта селекцияси, уруғчилиги ва етиштириш агротехнологиялари илмий тадқиқот институти 1929 йил Бутуниттифоқ Пахтачилик илмий-тадқиқот институти (СоюзНИХИ) номи билан ташкил этилган. Ўтган давр мобайнида институтга С.Сегизбоев, Б.П.Страумал, А.М.Мальцев, С.Н.Рыжов, Н.М.Маннонов, З.С.Турсунхўжаев, С.Х.Йўлдошев, А.И.Имомалиев, Р.Ў.Хусанов, Ш.И.Иброҳимов, С.Р.Раҳмонқулов, А.Э.Авлиёқулов, Ш.Н.Нурматов, Ж.Аҳмедовлар, Ш.Ж.Тешаев, Б.М. Халиков, Ш.Э. Намазов раҳбарлик қилган. Ҳозирги пайтда эса (2018 йилдан бошлаб) қишлоқ хўжалик фанлари доктори А.Э. Равшанов Бош директорлик вазифасини бажармоқда.
Пахтачилик ва уни мажмуасини яратишда, Бош институтда ҳизмат қилган, дунёга маълум бўлган олимлар: И.А.Дорман, С.С.Канаш, Б.П.Страумал, В.А.Ковда, М.А.Панков, С.Н.Рыжов, Н.М.Маннонов, В.М.Легостаев, П.В.Протасов, Б.Сангинов, Л.В.Румшевич, В.Б.Ерёменко, З.С.Турсунхўжаев, К.М.Мирзажонов, Н.Ф.Беспалов, И.И.Мадраимов, Г.А.Безбородов, В.П.Яровенко, Б.Г.Алеев, Б.М.Исаев, Ш.Н.Нурматов, В.П.Кондратюк, А.Э.Авлиёкулов, Р.Ш.Тиллаев, Б.М.Холиков, Ш.Ж.Тешаев, Н.М.Иброҳимов, Ф.А.Скрябин, В.Г.Березовский, М.А.Сорокин, А.Торопкина, М.Рожденский, В.Муханова, П.В.Бодров, М.Р.Юнусов, Н.Н.Зеленин, М.П.Меднис ва бошқалар етишиб чиқди. Бундан ташқари Бош институтда ва унинг вилоятлар, ИТСларида ҳам кўзда кўринган олимлар ишлаган ва ишламоқда.
Дастлаб институт таркибига Марказий селекция станцияси, Марказий ўсимликларни ҳимоя қилиш станцияси, Ўғитлар ва агро-тупроқшунослик марказий станцияси, Механизация ва ғўза агротехникаси марказий станцияси, Оққовоқ марказий суғориш ва агротехника станцияси, шунингдек, Туркманистон, Тожикистон, Қирғизистон, Қозоғистон ва Озарбайжон пахтачилик тажриба станцияларини бирлаштирган. Кейинчалик бу станциялар мустақил институтлар сифатида ажралиб чиққан. Ўзбекистон ғўза селекцияси ва уруғчилиги илмий-тадқиқот институти, Ўзбекистон Қишлоқ хўжалигини механизациялаштириш ва электрлаштириш илмий-тадқиқот институти, Ўзбекистон Ўсимликларни ҳимоя қилиш илмий-тадқиқот институти, Тожикистон ва Туркманистон деҳқончилик институтлари, Озарбайжон пахтачилик илмий-тадқиқот институти, Қирғизистон ва Қозоғистон деҳқончилик институтлари шулар жумласидандир.
